Europaeuksen koulu toteuttaa toiminnassaan Liikkuva koulu -toimintamallia ja -käytänteitä. Toiminnalla pyritään mm. laajentamaan toiminnallista opetusta, edistämään arkiliikuntaa ja varustamaan koulualueita liikkumista edistävin elementein. Koulukeskus tekee yhteistyötä Etelä-Karjalan Liikunta ja Urheilu ry:n sekä Etelä-Karjalan Urheiluakatemian kanssa.
Koulupäivän rakenne mahdollistaa normaalia pidemmän toimintavälitunnin ja oppilaiden liikkumisen niin koulun pihalla kuin lähiliikuntapaikoilla oppilaiden toiveiden mukaisesti. Liikunnallista elämäntapaa edistetään myös toiminnallisella oppimisella oppitunneilla. Lukuvuosittain oppilaille on tarjolla erilaisia liikunta-aiheisia kerhoja.
Koulukeskuksen liikunta- ja hyvinvointitiimi vastaa mm. lukuvuoden liikunta- ja ulkoilutapahtumien suunnittelusta ja järjestämisestä. Vuodesta 2017 koulukeskuksessa on toiminut liikunnanohjaaja, joka toimii välkkäriliikuttajien ohjaajana, kerhonohjaajana sekä liikuntaneuvojana oppilaille.